高通量測序技術是可以平行對數百萬甚至數十億條序列測序的技術。在基因組測序、轉錄組測序、宏基因組測序、表觀遺傳測序、外顯子捕獲測序、靶區域測序等諸多科研及精準醫療檢測領域內有廣泛的運用。
生工生物工程（上海）股份有限公司自2012年成立高通量測序部以來，逐步引進了Illumina，Life，PacBio等二代/三代測序平臺。建立了2000 m2高標準實驗室（通過了國家ISO認證）以及10PB級運算能力的服務器集群，能滿足絕大多數科研客戶的研究需要。同時，生工高通量測序團隊建設也在不斷完善中，目前有50余專職員工，其中高級技術人員以及高級生物信息工程師占比50%以上，5年來，通過生工高通量測序結果發表的文章累計影響因子超過1000分以上。
Illumina HiSeq2500/4000 可以運行PE150/PE250模式，可以承擔轉錄組測序、人基因組重測序、外顯子捕獲測序、宏基因組測序、微生物分類測序等服務；
Illumina MiSeq 運行PE300模式，可以承擔細菌基因組重測序/De novo測序、微生物分類測序、擴增子測序、核酸適配體測序等服務；
Life Ion torrentPGM 運行314、316、318芯片，可以承接擴增子測序、靶區域測序、基因組重測序服務；
PacBio Sequel/RSII 該測序平臺讀長超長，平均可達10 kb以上，主要承接細菌基因組完成圖測序、真菌基因組精細圖測序、全長轉錄本測序等服務；
